景龙三年，拜尚书左仆射，依旧知政事。未几，又拜尚书令、同中书门下三品，仍旧监修国史。时国家将有事于南郊，而巨源希韦后之旨，协同祝钦明之议，言皇后合助郊祀，竟以皇后为亚献，巨源为终献，又以大臣女为斋娘。及韦庶人之难，家人令巨源逃匿，巨源曰：“吾国之大臣，岂得闻难不赴？”乃出，至都街，为乱兵所杀，时年八十。
睿宗即位，赠特进、荆州大都督。太常博士李处直议巨源谥曰“昭”。户部员外郎李邕驳之曰：“三思引之为相，阿韦托之为亲，无功而封，无德而禄，同族则丑正安石，他人则附邪楚客，谥之曰‘昭’，良恐不当。”初，巨源与安石迭为宰相，时人以为情不相协，故邕以此称之。处直仍固请依前谥为定。邕又驳曰：
夫古之谥，在乎劝沮，将杜小人之业，冀长君子之风。故为善者虽存不贵仕，而没有余名，此贤达所以砥节也；为恶者虽生有所幸，死怀所惩，此回邪所以易心也。呜呼！巨源尝未斯察，而乃闻义不从，与恶相济，蓄罔上之志，协群凶之谋，苟容圣朝，贪昧厚禄。自以宰臣之贵，不崇朝而贾害者，固鬼得而诛之也。
彼则匹夫之微，未受命而行刑者，固人得而诛之也。幽明之愤，断焉可知，天地之心，自此而见矣。