慈禧离开正定到保定，住了一宿。她叫钦天监挑选个黄道吉日到达北京。钦天监选定十一月二十八日未刻(午后二时)是大吉大利的时刻。慈禧下令：钦定十一月二十八日未刻准时还宫，不许提前也不许迟后。经过仔细推算，慈禧于早七时由保定发车，午前十一点三十分到丰台站，十二时到城南马家堡车站，然后下车换轿，经永定门、正阳门，于午后二时准时进宫。至此，慈禧结束了一年零四个月的逃难生活。
慈禧在逃难中悟出了一个道理，要想坐稳宝座，就必须得到洋人的欢心与支持，而帝国主义列强欣赏光绪皇帝，不支持自己，原因全在于光绪皇帝提倡实行新政。今后，自己要想收拾残局，决不能再以反对维新的顽固派面貌出现，尤其不能再干利用百姓去反对洋人那种“傻事”了。于是，她在逃难中，便一反常态，高喊起变法的口号来了。
光绪二十六年十二月初十日(1901年1月29日),慈禧发布上谕，表示自己要同光绪皇帝一道同心协力地实行变法，并要求文武百官、驻外国使臣对此表态。第二年三月，她又下令成立以庆亲王奕助、大学士李鸿章为首的督办政务处，统筹研究变法事宜。七月，下令废止八股文。八月下令废除书院，各省设大学堂，各府设中学堂，各县设小学堂，还命令各省选派官费留学生。一时间，造成了慈禧要恢复被停止的戊戌变法的一些内容了。在离开西安返回京城前夕，慈禧于光绪二十七年八月二十日(1901年10月2日)又发布文告，声称： “只有变法自强才是国家的根本大计，国家才能有转机。我和皇帝为了国家，为了百姓，除了变法，没有别的法子。”十一月下旬，慈禧快要到达北京时，又发布上谕，告知中外，太后和皇帝一到北京，立即由皇帝接见外国公使，由太后接见公使夫人。慈禧来了个180度的大转弯，以前围绕是否接见外国公使及其夫人的事曾久经争论而未决。