2003年对华西村来说，又是一个历史性的时刻。七一建党日期间，华西村召开了第六届村党代会，经吴仁宝本人提议，他把当了48年华西村“一把手”的岗位，留给了39岁的年轻人，自己则退居到了村党委副书记和集团公司副总经理的“二把手”位置。
一个中国行政级别最小的官儿——村支书的退位却引发了国内外几百家媒体的报道。吴仁宝的“退位”一石激起千重浪！这当口有个问题：中国的官员一般只往上升、不往下降，尤其是“一把手”极少主动退至“二把手”位置。吴仁宝自己说：“这是又一种‘有难官当’。
我早先说过，干到80岁，可2003年华西村当时的形势非常好，我来了个急流勇退，一则是希望在我不糊涂的时候交权，二则是想破一破‘一把手’不能退当‘二把手’的先例。
我在华西村干了48年，不用自己树碑，群众也会有眼睛的。通常情况下只要我本人不言退，也许可以在‘一把手’的位置上一直干到闭眼那一刻。但这实际上是给后人和整个华西村的事业留下一个很大的难题。对一个可能是功绩无量的人来说，他能不能自觉地、真心实意地把这样的难题由自己去解决好，其实也是考验我们共产党人彻底的无私精神。”吴仁宝在他晚年的时候，又一次以自己的行动，让人们体味了他这位老共产党人的崇高胸襟。在解释自己“为什么不全退”时，吴仁宝再一次申明：“我身体好，经验也多一些，华西村现在正是一步几个台阶的高速发展期。作为一名老党员，一名与华西村共命运同呼吸的老村民，我仍然想为百姓做些力所能及的事。”这就是吴仁宝。78周岁的一个老人，依旧天天四五点钟起床便开始“走村串厂”，一直到傍晚八九点钟回家，村子里能揽的事他照样事无巨细地负责到底。