这也就不难解释伽利略为什么会那么震惊，当他听到罗马方面将他研究哥白尼的书籍列为天主教徒禁书的消息时。他写了一封长信给迪尼主教，希望能改变检查委员会的决定。
在推敲字句之间，他的眼睛突然落在他的琵琶上。他虽很少玩这乐器，却常把它放置在书桌上，藉以抚慰他对小女儿弗吉尼亚的思念。他在给主教的信上写道：“想要使圣经和新理论相调和，就必须有完备的新理论知识，因为只听一根琴弦的声音，是无法体会将两根弦调和后的和谐感的。”
对方虽很有礼貌地答复了这封信，却没有什么实际帮助。教会的代表们继续攻击他，称他和他的门徒是异端分子。伽利略决定到罗马去抗议。
但是罗马也不再欢迎他。这一次，没有宴会，没有邀请，在这个赫赫有名的城市中，不再有高贵人士来看他奇妙的望远镜。罗马神学院的教授们不再热心地称赞他。很多他以前的朋友也都显得冷淡，甚至躲避他。克勒菲神父算得上是伽利略的忠实朋友，但他最近也去世了。
