十三年春正月，帝在永昌。五月，师出崇明，诸将请先取之，不听。六月，移吴淞江口，入江阴。七月，至焦山，祭告天地、百神及太祖、崇祯、隆武诸帝，痛哭誓师，众皆感激。时清军已据上流，防御甚坚，以铁锁横江，谓之“滚江龙”。成功谓诸将曰：“瓜镇为金陵门户，须先取之。”授诸将机宜，令程应璠督右提督马信、前锋镇余新等进夺谭家洲炮城。又遣材官张亮督善水者荡舟行，即进据瓜州上游，毁木城。大船由南，小舟由北，自督亲军及中提督甘辉、左镇提督翁天佑、先锋镇杨祖，建大将旗鼓，直捣瓜州。清将朱衣祚、左云龙等率满、汉骑兵一万，背港而军。战方合，张亮已断滚江龙，扬帆直进。右武卫周全斌率兵带甲浮水登岸，直破其阵，斩云龙于桥下，衣祚奔城。正兵镇韩英夺门而入，登城树帜。全斌登江介之山以望，麾兵疾进，陷西北隅以入，满兵尽歼。获衣祚，逸之。后提督万礼亦绕瓜州之后，溃其余卒，清军大败，死者不可胜数。以援剿左镇守瓜州，监纪推官柯平为江防，命兵部侍郎张煌言、督理戎政杨朝栋、兵部主事袁起震督阮美及罗蕴章等进取芜湖。遂乱扬子，趣镇江。清提督管效忠率云南之兵数万分道驰至，夜扎银山，以骑兵当大路。成功以银山为必争之地，夺而据之，列阵以待。迟明，清军分五道而来，三萃郑垒，不动。骑射如雨，成功令发火炮，多鼓钧声，屋瓦皆震，清军下马死战。薄午，郑军益奋，遂大败之。喋血填濠，效忠仅以身免。明日，镇江守将高谦、知府戴可进等来降。成功登京岘之山，大飨士卒，慷慨赋诗。命全斌、黄昭守镇江，属邑俱下。以张煌言、杨朝栋招抚江南，袁起震、徐长春招抚江北。于是常州、徽州、池州、太平、滁、和、六合等府豪杰，多起兵应。清廷大恐，议援兵。甘辉进曰：“瓜镇为南北咽喉，但坐镇此。断瓜州，则山东之师不下；据北固，则两浙之路不通，南都可不劳而定矣。”不听。率师登舟径取南京，传檄四方。八月，至观音门，以黄安总督水师，守三叉河口，率所部由凤仪门登岸，军于狮子山。招诸将登阅江楼，以望建业王气。令诸舟列于江东门外，自率十余骑躬历城下，度营垒，分屯汉西门、观音山，独与五亲军驻岳庙山，留先锋镇、中冲镇于狮子山，欲久困之。南京守将梁化凤约期降，许之。甘辉谏曰：“以臣观之，则尚速也。夫兵贵先声，彼众我寡，及其熸且未定，则势可拔。若彼集御固，缓难图也，君必悔之。”不听。既而清军以千骑试前锋营，余新败之，逐轻敌无备，纵军捕鱼。成功令张英驰让之，新犹故。化凤知其弛，由凤仪门穴城，乘夜衔枚，直薄新营。新不及甲，仓皇拒战，遂被擒，副将董延中、萧拱柱死焉。成功闻凤仪门炮声，遣翁天佑援之，已无及矣。越二日，清军以步卒数千出观音门，直捣中坚。成功率亲军右虎卫陈鹏、右冲锋张万禄击败之。清军复以数万从山后出，薄左先锋营。杨祖拒之，三合三却。后劲镇杨正、援剿右镇姚国泰败走，前冲锋镇蓝衍、行军司马张英死于堪岩之下。清军从山上出击，右武卫林胜、左虎卫陈魁俱力战死。后提督张万礼独战于大桥头，杀人最多，无援而覆，副将魏标、朴世用、洪复、督理户官潘赓、锺仪卫等皆战没，唯左右提督、右虎卫、右冲锋、援剿后镇之军独全。成功麾军退，争舟而渡。甘辉殿，且战且却。至江，骑能属者三十余人，凡所击杀数百十人，马踬被获，死焉。成功既至镇江，议还岛，以马信、韩英督舟师守江口，周全斌、黄昭、吴豪为殿，余军次第而退。九月，攻崇明，不下。正兵镇王起凤阵没，以陈辉、阮美、罗蕴章等守舟山。刘猷与清军战于温州，败绩死之。十月，师至思明，建忠臣祠，以甘辉为首。